ribo POOL 灵活高效的去除核糖体RNA

核糖体RNAs(rRNA)约占RNA-Seq数据读取量的90%,去除后可大大节省RNA-seq的测序成本。

riboPOOL可以高效和特异性地去除rRNAs,适合各种模式和非模式物种或RNA序列。

产品特点：

• 种类丰富：丰富的成品型目录可供选择，目录持续更新中；目录以外物种或RNA可以定制

• 工作流程快：一步法，完整工作流程仅用时70min

• 起始量范围广泛：在100 ng到5μg的RNA起始量之间都有很好的去除效率

• 针对特殊应用定向优化：ibosome profiling样本；环境转录组学（如土壤、污泥）

• 高效的去除：去除效率高，结果稳定可重复

• 搭配灵活：兼容各种RNA纯化和RNA建库方法

• 探针法：没有酶切偏好,可以均一的覆盖转录本；无打断样本风险；适用于无polyA结构的RNA（如snoRNA,LncRNA, 组蛋白）

• 兼容多种下游分析方法：如RNA-Seq、微阵列分析和实时定量PCR等

• 可混合使用：客户可根据样本的组成比例，混合使用2-4种riboPOOL，如病原体感染的人体组织（人源+原核通用型）、人血液样本（人源+人血珠蛋白）、植物微生物群研究（植物通用型+原核通用型）

目录 成品型 riboPOOLs

riboPOOL 工作流程

ribo POOL 有效起始量范围(100ng-5ug)

ribo POOL 可混合使用（复合型）

复合型ribo POOL，可根据客户样本组成混合2-4种成品型riboPOOL.

测试样本为（a）SW48 细胞 (人源), NIH3T3细胞 (小鼠)和DH10B株大肠杆菌RNA混合物。

实验比较（b）单独使用人源、鼠源、原核通用型riboPOOL和（c）使用复合型riboPOOL（由1：1：1的人源、鼠源、原核通用型riboPOOL混合构成），两者均可有效去除1μg RNA混合样本中的rRNA.

rRNA的去除效率用生物分析仪,或rtqPCR分析评估（用rRNA或GAPDH（管家基因）特异性的引物进行实时定量PCR ）。

人源/小鼠/大鼠riboPOOLs

• 可去除细胞质rRNA (28S, 18S, 5.8S & 5S rRNA)&线粒体rRNA

• 高质量RNA(RIN >7)，rRNA去除效率可达97%-98%

• 降解RNA/FFPE(RIN <7)，rRNA去除效率可达87%-98%

• Ribo-Seq（30nt片段），优化不易去除区域探针密度，rRNA去除效率约75%

*不同实验方案间有一定差异

riboPOOL的rRNA去除效率高约10%

两种试剂的可重复性相当

植物通用型（被子植物）

• 可去除细胞质(28S, 18S, 5.8S & 5S) 、质体和线粒体 rRNA

• 广泛覆盖开花植物

• 适合叶片、种子和根等各种组织部位

植物通用型 riboPOOL 可以覆盖开花植物的主要门类

包括30 多个目（见下图）常见物种，如下：

水稻 · 麻疯树 · 大豆·土豆 · 棉花 · 咖啡·胡萝卜 · 洋蓟 · 橄榄·拟南芥 · 玉米 · 翠菊·小麦 · 苹果 · 橙子·荞麦 · 及其他

植物通用型 riboPOOL的β测试结果

开花植物的去除效率大于91%

值得注意的是，在原始藻类绿藻中rRNA去除效率为80%，表明植物通用型riboPOOL可以应用于被子植物以外的植物门类。

原核通用型（细菌/古生菌）

• 覆盖广泛的原核生物(细菌/古生菌)，适合微生物培养物、宏基因组、微生物组群分析

• 去除目标涵盖 5S, 16S and 23S rRNA

原核通用型 riboPOOL设计依据

基于76个代表性物种的rRNAs 序列设计的微生物通用型 riboPOOL，适合图中所示的类群(内圈，粗体)和亚群(外圈)所涵盖的细菌和古细菌。

*如果您感兴趣的物种不属于这些类群或亚群，请咨询我们的定制型riboPOOLs产品。

**译注:暂无中文译名

原核通用型riboPOOL已验证物种（RNA-Seq）

测试结果来自不同的实验室，rRNA去除效率从~50-98%不等，在大多数物种中rRNA去除效率> 70% 。去除效率可能因样品类型和实验条件的不同而不同。高质量的RNA样本中效率最高。推荐的起始RNA投放量为100 ng - 5 μg。